故事开始于进行“超能力开发”的学园都市中，这是个人口里八成都是学生，由很多学园和各种研究机构组成的科学都市。都市中的学生们除了接受一般的教学课程外，还会进行开发超能力的学习。根据能力高低不同，测定的超能力可以分为6级，从无能力者（Level 0）到超能力者（Level 5），而Level 6则为绝对能力者。 　　居住其中的高中生上条当麻虽然是一个无能力者，但并非完全没有能力，他的能力是可以用右手将一切异能效果无效化，他给自己这种也许连上帝的奇迹都能抹消的能力取名为“幻想杀手”。而正因为他的右手似乎是把神的祝福都给抹杀掉的缘故，导致自己一直过着“不幸”的生活。 　　某一个暑假的日子里，在自家的阳台上，上条当麻遇见了挂在栏杆上的白衣修女。少女自称为“禁书目录”（Index），是从魔法侧的世界里逃出来的，正在被魔法师追赶。从此上条当麻踏入了科学和魔法交错的世界中，和掌握着十万三千册魔导书的禁书目录Index以及其他各式各样的人物一起，开始了一系列故事…… 　　小说的第一部分《魔法禁书目录》全22卷于2010年10月10日完结，第二部分《新约魔法禁书目录》于2011年3月10日开始发售，另外还有多篇短篇和未收录作品。此外还有由近木野中哉作画的同名漫画作品。